Con iBye, AppBackup, DataDeposit, ecc. di Cydia ripristini solo l'app data, non la app.
Si ma io lo faccio già con AppData su cydia, mi fa il backup dei dati delle applicazioni su dropbox e me li ripristino quando mi pare
"In vacanza" iCloud ti ripristina apps legit (prese direttamente dai "server appstore") + app data delle app legit. (presa dai 5gb di iCloud)
La app non-legit te la ri-procuri nell'ultima versione disponibile su installous.
E l'app data per l'app non-legit la ripristini da dropbox tramite una di quelle utility cydia.